Ubuntu хоть и стабильная система, все конечно относительно, но и в ней нужно периодически что-то делать ручками, даже если и делать будет программа, но все равно запустить ее нужно будет ручками в паре с головой. Иногда в системе накапливается лишний мусор, который остается после удаления программ, ненужных зависимостей и т.д. Можно конечно все делать при помощи Терминала, например командами:

sudo apt-get autoclean
рекомендуется делать эту команду периодически, очищая систему от .deb пакетов, которые более не нужны,

sudo apt-get autoremove
данная команда удаляет неудалённые зависимости от уже удалённых пакетов,

sudo apt-get clean
очистка каталога /var/cache/apt/archives/ .

После обновления ядер старые ядра никуда не деваются, а мирно покоятся рядом с новым ядром. Поэтому их тоже нужно удалять и лучше всего это делать очень полезной программой Ubuntu Tweak. Кроме очистки системы, программа имеет еще очень разных полезностей.
С помощью данного твикера можно:
 

1. Устанавливать программы.
2. Узнать информацию о системе.
3. Управлять элементами автозагрузки.
4. Настроить логин и логаут.
5. Настроить различные параметры рабочего стола.
6. Подстроить Компиз Фьюжн.
7. Управлять питанием и безопасностью.
8. И др.

Установка программы:
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-tweak

После установки, программа появится по адресу: Приложения — Системные —Ubuntu Tweak

Еще одна полезная программа для очистки системы называется BleachBit. Она есть в репозиториях Ubuntu и установить ее можно прямо из Центра приложений Ubuntu.

"Софтина" позволяет удалять неиспользуемые языки интерфейса.
С помощью BleachBit можно очистить оперативную и swap память.
Программа может удалять временные файлы, cookles, список закачанных файлов и паролей всевозможных браузеров (Opera, Safari, Firefox, Chrome и другие). Кроме этого программа оптимизирует используемые базы данных.
Программа также чистит историю и кэш Gnome, Nautilus, Adobe Flash.
BleachBit дает возможность удалить все файлы Thumbs.db, которые появляются в следствии работы ОС Windows.

Еще в репозиториях Убунты есть такие программы для чистки системы как:Sweeper, FSlint, Gtkorphan.