Согласно 63-ФЗ «Об электронной подписи» допускается не указывать в качестве владельца сертификата ключа проверки электронной подписи физическое лицо, действующее от имени юридического лица (в соответствии с пунктом 3 статьи 14). Это возможно при оказании государственных и муниципальных услуг, исполнении государственных и муниципальных функций, а также в иных случаях, предусмотренных федеральными законами и принимаемыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами.

Но в соответствии с приказом ФНС № ММВ-7-4/142 налогоплательщики при взаимодействии с ФНС России в электронном виде применяют только следующие сертификаты:

• организации с указанием физического лица, действующего от имени владельца — юридического лица на основании учредительных документов юридического лица или доверенности;
• индивидуального предпринимателя;
• физического лица.

Таким образом, для работы в системе «Контур-Экстерн» в квалифицированном сертификате, выдаваемом на юридическое лицо, обязательно указание физического лица.